【初心者向け】会社売却の方法を徹底解説!手続きの方法や流れが丸わかり!
会社を売却する方法にはいくつかの選択肢がありますが、「そもそもどんな方法があるの?」「自分の会社にはどれが合っているの?」と疑問に感じている方も多いはずです。
この記事では、株式譲渡と事業譲渡という2つの代表的な売却方法の違いや、それぞれのメリット・デメリット、ケース別の選び方までわかりやすく解説します。
この記事を参考にすれば、これから会社売却を検討している方が、納得のいく方法を選び、失敗なく進められるでしょう。

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【前提知識】会社売却の方法は大きく2つ

会社を売却するときの方法は、大きく分けて「株式譲渡」と「事業譲渡」の2種類があります。
どちらが向いているかは、会社の状況や売却の目的によって異なります。ここではそれぞれの特徴を詳しく見ていきましょう。
株式譲渡:会社全体を引き継ぐ方法
株式譲渡とは、会社の株主が保有している株式を買い手に譲渡することで、会社の経営権そのものを引き継ぐ方法です。法人格はそのままなので、契約や許認可も基本的には引き継がれ、手続きも比較的スムーズです。

下記に、株式譲渡の特徴や税金、メリット・デメリットをまとめました。
株式譲渡について
特徴
・株主が保有する株式を売却し、経営権を移転する
・会社の法人格はそのまま継続する
税金
| 区分 | 税金の種類 |
|---|---|
| 個人株主の場合 | 譲渡益に対して所得税・住民税が課される |
| 法人株主の場合 | 譲渡益に対して法人税が課される |
メリット
・手続きが比較的簡単で進めやすい
・許認可や契約を引き継げるため、事業継続がスムーズ
・従業員や顧客との関係性も維持しやすい
デメリット
・簿外債務や潜在的なリスクも引き継ぐ可能性がある
・デューデリジェンスで問題が見つかると、売却価格に影響が出る
事業譲渡:特定の事業や資産を引き継ぐ方法
事業譲渡は、会社の中の一部事業や資産だけを切り出して売却する方法です。会社全体ではなく必要な部分だけを引き継げるので、柔軟な売却が可能です。ただし、契約や許認可は個別に移転手続きをする必要があります。

下記に、事業譲渡の特徴や税金、メリット・デメリットをまとめました。
事業譲渡について
特徴
・会社の一部の事業や資産を選んで譲渡できる
・法人格は移転せず、会社自体は存続する
税金
| 区分 | 税金の種類 |
|---|---|
| 個人事業主の場合 | 譲渡益に対して所得税・住民税が課される |
| 法人の場合 | 譲渡益に対して法人税が課される |
| 共通 | 譲渡資産に応じて消費税が課される場合がある |
メリット
・不要な負債やリスクを避け、必要な部分だけを引き継げる
・特定事業だけを売却したい場合に柔軟に対応できる
・買い手にとってもリスクを絞れる選択肢となる
デメリット
・契約や許認可の再取得が必要になる
・資産や従業員の移転に関して個別に手続きが必要
・手続きが複雑になり、時間がかかるケースがある
【ケース別】会社売却の方法はどちらを選ぶべき?


株式譲渡と事業譲渡、結局どっちがいいの?
このように悩む方は多いですが、これは会社の状況や売却の目的によって変わってきます。ここでは、それぞれの方法がどんなケースに向いているかを整理してみましょう。
株式譲渡が向いているケース
株式譲渡は、会社全体を丸ごと引き継ぎたい場合に向いています。手続きが比較的スムーズで、買い手にとっても即戦力として事業を引き継げる点が魅力です。

株式譲渡は、以下のようなケースにおすすめです。
株式譲渡はこんなケースにおすすめ
・会社全体をそのまま引き継いでもらいたい
・許認可や取引先との契約をそのまま維持したい
・従業員の雇用を継続しながら売却したい
・できるだけ手間をかけずに早く売却を進めたい
・規模が小さめのオーナー企業で、株主が限定されている
事業譲渡が適しているケース
事業譲渡は、会社全体ではなく「この事業だけ売りたい」「不採算部門だけ手放したい」といったニーズに応える柔軟な方法です。不要な負債や契約を引き継がせずに済むため、買い手側にとってもリスクが限定されます。
事業譲渡はこんなケースにおすすめ
・一部の事業や資産だけを売却したい
・不要な負債やリスクは切り離しておきたい
・売却後も会社を存続させ、別事業を継続したい
・複数の事業部門がある中で、特定部門のみ売却したい
・買い手と譲渡対象の範囲を柔軟に調整したい
それぞれに向き・不向きがあるため、目的や状況を整理したうえで検討するのがおすすめです。どちらの方法が適しているか判断に迷うときは、M&A仲介会社に相談するのも有効です。
選んだ会社売却の方法ごとの進め方|5つの基本ステップ

会社売却の方法が決まったら、次は具体的な進め方です。株式譲渡でも事業譲渡でも、大まかなステップは共通しています。ここでは、実際の売却プロセスを5つの段階に分けて紹介します。

下記の表に、会社売却の5つのステップについてまとめました。
| ステップ | 内容 | 主なポイント |
|---|---|---|
| STEP1 | 売却目的の明確化と準備 | ・売却目的の整理(引退・資金化など) ・会社全体か一部かを決定 ・財務や契約関係の棚卸し |
| STEP2 | 仲介会社・専門家の選定 | ・M&A実績や業界知見の確認 ・料金体系の把握 ・丁寧なヒアリング対応か |
| STEP3 | スキーム選定と条件交渉 | ・株式譲渡か事業譲渡かを決定 ・売却価格・時期・譲渡範囲の交渉 ・競業避止義務などの調整 |
| STEP4 | DD(デューデリジェンス)と契約締結 | ・財務・法務・税務リスクの精査 ・取引先・従業員・知財契約の確認 ・調査結果を踏まえて契約書作成 |
| STEP5 | 最終契約とクロージング | ・売買代金の決済 ・株式・資産の名義変更 ・通知・引き継ぎ・役員変更など |

M&Aの進め方についてより詳しく知りたい方は、こちらの記事もおすすめです。
STEP1:売却目的の明確化と準備
まずは、なぜ売却するのか、何をどのように売却したいのかを明確にすることが大切です。目的や条件を曖昧にしたまま進めると、後のトラブルや条件交渉でつまずく可能性があります。

この段階では、以下のような準備を進めましょう。
この段階でやること
・売却の目的(引退・資金化・事業整理など)を明確にする
・売却対象(会社全体 or 一部事業)を整理する
・財務状況や契約関係を棚卸しし、社内情報を整理する
STEP2:仲介会社・専門家の選定
会社売却は専門的な知識と経験が必要です。仲介会社やFA(ファイナンシャル・アドバイザー)、M&Aに強い税理士・弁護士など、信頼できるパートナーを選ぶことが成功のカギです。

専門家を選定する際には、以下のポイントを意識しましょう。

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STEP3:スキーム選定と条件交渉
ここで、株式譲渡か事業譲渡か、どの方法で売却するかを最終決定します。それに応じて契約条件や譲渡範囲、金額、時期などの交渉もスタートします。

この段階では、以下のポイントを意識して交渉を進めましょう。
主な交渉ポイント
・売却価格と支払い条件(現金・分割など)
・譲渡対象の範囲(資産・契約・従業員など)
・競業避止義務や役員の引き継ぎ条件
STEP4:DD(デューデリジェンス)と契約締結
買い手が契約を結ぶ前に、財務・法務・税務などのリスク調査を行うのがデューデリジェンス(DD)です。調査結果によって条件の再交渉が入ることもあるため、しっかり準備して臨みましょう。

DD(デューデリジェンス)では、以下のような項目が調査されます。
DDでチェックされる項目例
・財務状況の正確性(決算書・資産・債務)
・契約関係(取引先・従業員・知的財産など)
・税務・法務リスク(訴訟・未払い・法令違反)
DDを通過したら、最終条件を盛り込んだ売買契約書を締結します。
STEP5:最終契約とクロージング
契約書を締結した後は、実際の譲渡手続きを行い「クロージング」を迎えます。代金の支払いや株式・資産の移転、各種名義変更、引き継ぎ業務などが発生します。

クロージングでは、以下のような作業が発生します。
クロージングで発生する作業
・売買代金の決済
・株式や資産の名義変更
・取引先や従業員への通知・引き継ぎ
・必要に応じて役員変更・法務局手続き
これで会社売却のプロセスは完了となります。
会社売却の前に必ずやっておくべき5つのこと

会社売却をスムーズに進めるためには、事前準備がとても重要です。いくら売却先が見つかっても、準備が整っていなければ交渉やデューデリジェンスの段階でつまずくことも。
ここでは、売却前にやっておきたい5つの基本ポイントを紹介します。

下記の表に、売却前にやっておくべき5つのポイントについてまとめました。
| 項目 | 概要 | 具体的にやるべきこと |
|---|---|---|
| ① 財務・法務の整理 | 買い手のDDに備え、会社の数字や契約書類を整備しておく | ・試算表・決算書を正確に整備 ・売掛金・借入金などの状況を明確化 ・契約書・登記簿・株主名簿の整理 |
| ② ノウハウや属人業務の見える化 | 業務が特定の人に依存しないように仕組み化・マニュアル化する | ・業務マニュアルの作成 ・取引ルールの文書化 ・経営者しか知らない業務を洗い出す |
| ③ 主力社員・顧客との関係性チェック | 人材や取引先との関係が安定しているか確認する | ・主力社員の残留意向の確認 ・大口顧客との契約状況の把握 ・属人化していないかチェック |
| ④ 売却希望条件の明確化 | 金額・時期・譲渡範囲などを整理し、交渉のブレを防ぐ | ・希望売却額と根拠の整理 ・売却希望時期の明確化 ・譲渡範囲・引退意向の確認 |
| ⑤ 秘密保持と情報管理体制の構築 | 売却情報の漏洩リスクを防ぐための体制を整える | ・NDAの準備と締結 ・情報アクセス制限の設定 ・情報提供は段階的に実施 |

M&Aを成功させるためのポイントについてより詳しく知りたい方は、こちらの記事もおすすめです。
① 財務・法務の整理|DDを見据えた整備
買い手によるデューデリジェンス(調査)では、会社の数字や契約の状態が細かくチェックされます。ここで不備があると信頼を失い、売却条件に大きく影響することもあります。

デューデリジェンスを迎える前に、以下のような準備を徹底しておきましょう。
具体的にやるべきこと
・最新の試算表・決算書を正確に整備する
・売掛金・買掛金・借入金などの状況を明確にする
・契約書(取引先・社員・リースなど)を整理する
・見落としがちな登記や株主名簿も確認しておく
② ノウハウや属人業務の見える化
「その人がいないと成り立たない」という属人化は、買い手にとってリスクになります。業務内容やノウハウを仕組み化・マニュアル化しておくと、評価も上がりやすくなります。

ノウハウや属人業務を見える化する際には、以下のポイントを意識して進めましょう。
③ 主力社員・顧客との関係性チェック
買い手は「人」や「取引先」にも注目しています。キーパーソンが離脱するリスクや、売却をきっかけに顧客が離れるリスクがあると、評価に影響することがあります。

事前に以下のポイントを確認し、主力社員や顧客との関係性を改めて把握しておきましょう。
④ 売却希望条件の明確化(金額・時期・譲渡範囲)
「いくらで売りたいのか」「いつまでに売りたいのか」「どこまで譲りたいのか」など、売却の条件が曖昧なままだと、交渉が迷走しやすくなります。
譲れない部分と柔軟に考えられる部分を整理しておきましょう。

売却の条件を明確にするために、以下の項目を整理しておきましょう。
整理しておくと良い条件項目
・希望売却額とその根拠(収益や資産価値など)
・売却希望時期(半年以内、年内など)
・譲渡範囲(会社全体 or 一部事業)
・売却後の自分の関与(完全引退 or 一時的に残る)
⑤ 秘密保持の徹底と情報管理体制の構築
売却の話が外部に漏れると、従業員や取引先が不安になったり、競合に情報が渡ってしまうリスクもあります。早い段階から、秘密保持と情報管理の体制づくりを進めておくことが重要です。

会社売却の話や機密情報の漏洩を防ぐために、以下の対策を徹底しましょう。
具体的な対策例
・NDA(秘密保持契約)のひな形を用意
・買い手候補と交渉する前にNDAを締結
・機密情報へのアクセス権限を制限
・情報提供は段階的に行う(必要最小限に)
以上の5つのポイントをしっかり押さえておくことで、会社売却を有利に、そしてスムーズに進めることができます。売却は一度きりの大きな決断。後悔しないよう、準備は入念に進めていきましょう。
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・セカンダリー取引支援
・M&Aアドバイザリー
会社売却の方法に関してよくある質問

Q. 売却方法は後から変更できる?
はい、可能です。ただし、買い手候補との交渉が進んでいる場合は注意が必要です。
たとえば、最初は株式譲渡で進めていたけれど、税務上の理由やリスク回避の観点から事業譲渡に切り替える、ということは珍しくありません。ただし、スキームが変わると契約条件や手続きも変わるため、専門家と相談しながら判断しましょう。
Q. 会社売却のベストなタイミングはいつですか?
理想的なのは「業績が好調なとき」です。
会社の収益が伸びていて、成長性をアピールできるタイミングなら、高値で売却しやすくなります。
逆に、業績が悪化してからだと、買い手からの評価が下がり、条件交渉で不利になることもあります。将来的に売却を考えているなら、あらかじめ準備を始めておくのがおすすめです。
Q. 赤字や小規模の会社でも売却は可能ですか?
はい、可能です。赤字や小規模だからといって、必ずしも売却できないわけではありません。

たとえば、以下のような要素を持った会社であれば、評価されるケースがあります。
赤字や小規模な会社でも評価されるケース
・独自の技術やノウハウがある
・優良な顧客基盤を持っている
・特定エリアでのシェアがある
・成長性のある市場に属している
赤字であっても、将来性やシナジーの観点で価値があると判断されれば、買い手は見つかります。

赤字の会社でも売却できるのか不安な方は、こちらの記事も参考にしてみてください。
Q. 会社売却後、従業員の処遇はどうなりますか?
基本的には、売却方法と契約条件によって異なります。

会社売却後の従業員の処遇について、売却方法ごとにまとめました。
会社売却後の従業員の処遇
・株式譲渡の場合
法人格は変わらないため、従業員の雇用契約は原則そのまま継続されます。
・事業譲渡の場合
雇用契約は一度終了となり、買い手側で再度雇用契約を結ぶ形になります。
いずれにしても、従業員の処遇をどうするかは交渉のポイントとなるため、買い手との間でしっかり話し合っておくことが大切です。

会社売却が与える従業員への影響についてより詳しく知りたい方は、こちらの記事もおすすめです。
Q. 自社だけで売却活動を進めることは可能ですか?
理論上は可能ですが、現実的にはおすすめしません。
会社売却には、法務・税務・契約・交渉といった幅広い知識が必要です。また、買い手候補の選定や交渉も、専門的なスキルが求められます。

専門家を通じた方が、以下のようなメリットがあります。
大切な会社の売却だからこそ、専門家の力を借りるのが安心です。